Для Joomla я установил код счётчика в файл index.php шаблона (путь: мой_сайт/templates/мой_шаблон/index.php). В принципе, этого должно хватать, но Яндекс.Метрика упорно писала, что «Код счётчика установлен не на всех страницах». Покопавшись в интернете обнаружил, что необходимо также установить код счётчика в файл component.php (путь: мой_сайт/templates/system/component.php), который отвечает за шаблон используемый например в версии для печати. Все получилось. Возможно это пригодиться вам

Для установки кода Яндекс.Метрики необходимо зайти в раздел «Внешний вид» админки WordPress, далее выбрать подраздел «Редактор». С левой стороны у вас должны появиться «Файлы темы». Выбираем файл «Подвал (footer.php)», находим в коде этого файла тэг </body> и ПЕРЕД ним вставляем код Яндекс.Метрики. После этого сохраняем этот файл, нажав на кнопку «Обновить файл» внизу в центре. Если этой кнопки у вас нет, это означает, что у вас не открыты права для редактирования этого файла, и необходимо их открыть.