Про метрику можно почитать на официальном сайте Яндекс.Метрика. Для корректного подсчета статистики рекомендуется установить код на все страницы сайта.
Для Joomla я установил код счётчика в файл index.php шаблона (путь: мой_сайт/templates/мой_шаблон/index.php). В принципе, этого должно хватать, но Яндекс.Метрика упорно писала, что «Код счётчика установлен не на всех страницах». Покопавшись в интернете обнаружил, что необходимо также установить код счётчика в файл component.php (путь: мой_сайт/templates/system/component.php), который отвечает за шаблон используемый например в версии для печати. Все получилось. Возможно это пригодиться вам